(一)稅收負擔問題
企業增值稅稅收籌劃面臨的問題之一是稅收負擔問題。針對于納稅人的稅務負擔，履行的稅務義務以及相應的經濟指標，承擔的財政負擔應該按照合理的比例進行。稅收負擔，反映了一定時期的社會產品的分配，在國家和納稅人之間合理處理其稅收負擔問題。稅收負擔往往表現在一定時期，從不同的角度上，可以分為微觀的負擔、宏觀的負擔，名義稅率負擔、直接稅收負擔、間接稅收負擔等多種。從國家宏觀的角度，以滿足社會和公共物品的需求，保障國民經濟的健康發展，必須有一個合理的稅收負擔。微觀的負擔，用來衡量企業的實際稅收負擔，反應在一定時間內的稅收變化。
(二)增值稅稅收籌劃問題
企業增值稅稅收籌劃面臨的問題之二是增值稅稅收籌劃問題。稅基的寬窄不僅是納稅人計算應納稅額大小的關鍵因素，而且也是納稅人計算應納稅額的計稅依據。雖然我國現行的增值稅的征稅范圍涵蓋了售貨物和加工、修理修配勞務，但卻沒有像國外規范的增值稅制度一樣，將與貨物相關聯的交通運輸業、建筑安裝業等勞務行業納入增值稅的征收范圍，而是通過另行征收營業稅的方式來納稅。但是，在實際經濟活動中，企業并不是單一的從事增值稅規定的項目，而是按照經營活動需要來兼營或者混合經營不同稅種或不同稅率的應稅項目。這就為企業合理進行稅收籌劃提供了廣闊的空間。但是增值稅稅收籌劃，一直都制約著我國稅收的發展，為此必須進行深度思考，國家征收的增值稅既有利于刺激企業的生產，又有利于增加政府的稅收收入。
(三)缺乏稅收籌劃專業性人才
企業增值稅稅收籌劃面臨的問題之三是缺乏稅收籌劃專業性人才。我國缺乏稅收籌劃專業性人才表現非常明顯，特別是企業實際籌劃管理中，稅收籌劃人員素質不高，技術以及綜合籌劃稅收方面能力有限，這些往往影響企業稅收籌劃工作的開展，最近幾年，各大高校開始把稅收籌劃作為一門必須課程，加強稅收籌劃專業性人才的培養。但是據說課程的開設效果并不理想，不能夠滿足企業稅收籌劃的要求，稅收籌劃專業性人才的培養，一直都是最為痛疼的大事，另一方面，稅收籌劃專業人才的缺乏也有需求方面的制約因素，與人才市場上炙手可熱的財務經理、市場經理等職位相比，“稅務經理”這一字眼恐怕很難在企業的人才需求中出現，對于大多數企業來說，稅收籌劃這一事物尚且陌生，聘用籌劃人才的重要性也尚未被充分認識。
(四)增值稅的納稅成本問題
企業增值稅稅收籌劃面臨的問題之四是增值稅的納稅成本問題。增值稅納稅人承擔增值稅負擔，而且還承擔了增值稅的成本。稅收成本稅收成本，稅務機關對納稅人，扣繳義務人履行稅法規定的費用。在納稅過程中的成本，增值稅成本其性質可分為臨時成本和當前成本的初始投資成本。增值稅納稅人的初始投資成本針對于增值稅制度的大規模變化的一次性成本。在融資幣種和合同結算幣種進行合理設定后仍有可能在外匯敞口，不能充分規避匯率風險，還需采取合理結算方式，同時可配合使用一些貿易融資產品。采用預付貨款、跟單信用證、跟單托收、賒銷等結算方式，能夠在一定程度上控制資金流出的時點，從而防范部分匯率風險。另外，目前，國際貿易融資產品層出不窮，例如：出口保理、福費廷、遠期結售匯、貨幣掉期等。靈活配合使用這些產品，能夠對沖部分匯率風險，解決好增值稅的納稅成本問題。
(五)對稅收籌劃的理解不到位
企業增值稅稅收籌劃面臨的問題之五是對稅收籌劃的理解不到位。企業必須合理把握稅收籌劃的內涵，應該以減少納稅義務為目的，稅收籌劃具有合理性，它不僅僅可以減少企業避稅現象，有利于稅收事業的發展，也為國家增加稅收。但是我國企業對稅收籌劃的理解不到位，沒有正確的把握稅收的含義，稅務機關只是一味的試圖修正其法律，來填補稅收籌劃的漏洞，而且混用稅收籌劃的情況已經不勝枚舉，針對于納稅人來說，他們根本就沒有意識到經營活動必須納稅，相反是不合法。這就恰恰錯誤理解了稅收籌劃的內涵，納稅人以為避稅方法、技巧和案例等屬于稅收籌劃的范疇，如果真是如此，它會為社會帶來多大的反面影響，制約著社會的進步。因此必須加強企業增值稅稅收籌劃，為國家稅收提供更多的經濟效益和社會效益。?

相關資訊：

稅務管理有哪些？

請問稅務分類有哪些？

國家稅務局收的稅種有哪些?

稅務所的職能和業務是什么?

地方稅務局和國家稅務局有哪些不同？?