物流公司稅務籌劃的方法如下：
1、轉變經營方式巧籌劃。增值稅一般納稅人在銷售貨物時一般是根據進銷差價按照13%或者17%的稅率繳稅；而營業稅應稅勞務中的“服務業—代理”稅目的稅率僅為5%。如果物流企業能夠使自己從物資供應商的角色轉變為銷售代理商就可以實現節約稅收的目的。
2、轉變合同形式妙節稅。由于季節性工作量的差異，物流企業往往將部分閑置的機器設備出租。按照稅法規定，財產租賃應按“服務業—租賃”5%的稅率繳納營業稅，如能按照裝卸作業則只需按照“交通運輸業”繳納3%的營業稅。
3、分別核算好處多。根據相關規定，對國家發改委和國家稅務總局聯合確認納入試點名單的物流企業及所屬企業開展物流業務應按其收入性質分別核算。提供運輸勞務取得的運輸收入按“交通運輸業”稅目征收營業稅并開具貨物運輸業發票。凡未按規定分別核算其營業稅應稅收入的，一律按“服務業”稅目征收營業稅。
稅務籌劃，是指在納稅行為發生之前，在不違反法律、法規（稅法及其他相關法律、法規）的前提下，通過對納稅主體（法人或自然人）的經營活動或投資行為等涉稅事項做出事先安排，以達到少繳稅或遞延納稅目標的一系列謀劃活動。
納稅人在不違反法律、政策規定的前提下，通過對經營、投資、理財活動的參排和籌劃，盡可能減輕稅收負擔，以獲得“節稅”利益的行為很早就存在。
稅務籌劃具有合法性、籌劃性、目的性、風險性和專業性的特點。
《中華人民共和國稅收征收管理法》
第十五條 企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位（以下統稱從事生產、經營的納稅人）自領取營業執照之日起三十日內，持有關證件，向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當于收到申報的當日辦理登記并發給稅務登記證件。
工商行政管理機關應當將辦理登記注冊、核發營業執照的情況，定期向稅務機關通報。
本條第一款規定以外的納稅人辦理稅務登記和扣繳義務人辦理扣繳稅款登記的范圍和辦法，由國務院規定。?

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