增值稅專用發(fā)票遺失一般不會罰款。
增值稅發(fā)票丟失，有以下五種不同的處理方法：
1、一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；
2、如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關(guān)認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關(guān)同意后，可作為增值進項稅額的抵扣憑證。
3、一般納稅人丟已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
4、如果丟失前未認證的，可使用專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)到主管機關(guān)認證，專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
5、一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可以將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
增值稅發(fā)票丟失可以通過以下辦法處理：
首先要到辦稅廳領(lǐng)取并填寫發(fā)票掛失/損毀報告表，并且要在報紙上刊登遺失聲明，申請主管稅務局出丟失增值稅專用發(fā)已報稅證明單。
丟失專用已報稅證明單申請開具流程：
1、申請。納稅人攜帶上述資料到辦稅服務廳申報征收崗申請開具丟失專用已抄報稅證明單。
2、受理審核。辦稅服務廳申報征收崗受理審核納稅人提交的資料。符合條件的，當場受理辦理。納稅人提交紙質(zhì)資料不全或者填寫內(nèi)容不符合的，一次性告知納稅人補正或重新填報。
3、開具。納稅人提供資料符合條件的，辦稅服務廳申報征收崗即時開具丟失專用已抄報稅證明單。
【法律依據(jù)】
《中華人民共和國增值稅暫行條例》 第一條 在中華人民共和國境內(nèi)銷售貨物或者加工、修理修配勞務（以下簡稱勞務），銷售服務、無形資產(chǎn)、不動產(chǎn)以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅人，應當依照本條例繳納增值稅。?

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