這種情況企業收取的承包費不需要納稅。

關于掛靠經營的增值稅納稅義務人的問題，《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第二條規定：“單位以承包、承租、掛靠方式經營的，承包人、承租人、掛靠人(以下統稱承包人)以發包人、出租人、被掛靠人(以下統稱發包人)名義對外經營并由發包人承擔相關法律責任的，以該發包人為納稅人。否則，以承包人為納稅人。”
首先，從會計核算主體分析。建筑施工企業掛靠，一般是以所掛靠的企業名義對外施工，對甲方開具發票以掛靠方名義開具，由被掛靠方確認主營業務收入;相應具體經營過程中，取得的成本費用發票冠名也是掛靠方。之不過在核算上實踐中有兩種方式：一是由所掛靠的企業統一會計核算。統一核算，資金全部入公司戶，在支付承包人個人承包費時，只不過要扣除應上交的掛靠費后再支付。二是實行項目單獨核算。但對于項目單獨核算的，最終要與所掛靠的企業匯總會計報表。通過匯總報表，總公司所收取的承包費收入應當與項目核算的承包費內部抵消。通過會計核算可以看出：掛靠人向掛靠方繳納的掛靠費，屬于同一納稅人名下的資金內部流轉，或者說是納稅人內部的利潤分成，不屬于增值稅的應稅行為。被掛靠方作為提供建筑服務的增值稅納稅人，已經對提供的建筑服務取得的全部價款和價外費用計算繳納了增值稅，因此，不應對掛靠人收取的掛靠費再次征收增值稅。
掛靠人以被掛靠的施工企業的名義對外經營，則以被掛靠人為增值稅納稅人，應對就向甲方收取的全部價款和價外費用計算繳納增值稅。被掛靠的施工企業向掛靠人收取的掛靠費，屬于企業的內部分配行為，更不屬于轉讓資質使用權。因此，收取的掛靠費不繳納增值稅。

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