在建筑施工企業進行納稅處理工作的過程中，主要有以下三個方面的風險：

1、在技術合同方面，企業經常會出現技術開發、轉讓和專利特許使用費等相應的業務，而如果相關人員對政策了解不夠深入，沒有及時進行技術合同登記，按照6%的使用稅率開具增值稅專用發票，那么就可能會出現多繳納稅金的情況；

2、建筑企業需要跨地區、跨省市施工時，公司收到預收工程款時應當及時預繳稅款，但是許多企業的管理制度不明確，致使出現無法及時收取發票的情況，不能進行預繳稅款的抵扣，使現金流出企業；

3、在外出經營證明辦理上，有部分企業外出經營時，稅收證明未及時辦理，或者沒有根據預收款或工程進度及時預繳稅款，導致延遲納稅風險。一些公司因為人員流動頻繁，在業務完成時未及時注銷外出經營證，嚴重時會導致企業納稅信用等級降級發生，給企業信用及涉稅事項帶來負面影響。

從這一角度給企業所帶來的風險一共有以下幾個方面：

1、稅收籌劃應發生在納稅行為之前的一種行為，企業應當在事前做好相應的籌劃工作。

建筑施工企業在合同簽訂時，是采用甲供材、清包工或包工包料的合同業務類型選擇上，存在著差異性。同時，由于建筑施工企業根據業務類型可選擇一般計稅或簡易計稅，計稅方法的選擇對稅負的影響，往往在合同簽訂的同時就決定了。在簽訂合同的過程中，如何選擇相應的合同業務類型對于建筑施工企業來說，對所繳納的稅額有著十分大的影響，這主要是由于不同的業務類型在計算相應的計稅額時，所使用的方法會存在很大的差異。

因此，在簽訂合同時，必須要謹慎的選擇業務類型，從而做出最科學的決策。但從目前的情況來看，許多業務人員對我國的相關稅收政策并不夠了解，在簽訂合同之前，也沒有與客戶進行深入的溝通，不能差異化訂立經濟合同，均將合同簽訂為包工包料合同，對于增值稅一般納稅人，則只能按適用稅率繳納建筑業增值稅，而建筑施工企業人工成本所占成本比重較大，進項稅抵扣率嚴重不足，會導致稅負率大幅上升。

2、由于增值稅屬于價外稅，因而在確定合同金額的過程中，必須將相關條款進行明確界定，但由于相關人員沒有合理地區分價內稅和價外稅，未能進行有效的比議價，使得采購成本大幅度增加。

3、在合同支付款項環節上，業務人員往往對合同中支付條款不進行明確約定，導致進項發票不能在支付款項時及時取得；未能對付款條件與施工進度、施工安全、施工質量相結合進項約定。均會導致公司的納稅義務提前發生，當期的增值稅及相應附加稅就要先繳納，不能起到延遲納稅，發揮資金最大效用的目標。

建筑施工企業在施工過程中如有技術開發、技術轉讓、專利技術轉讓、專利特許使用費等業務發生，相關經辦人員如果對稅收政策知識不了解，不知道符合條件的技術轉讓、技術開發通過在省市級技術管理部門進行技術合同登記后，可以到稅務備案、享受增值稅減免，而未及時進行技術合同登記，按6%適用稅率開具增值稅專用發票，完成納稅申報，繳納稅款，使得本來可以減免的增值稅按適用稅率繳納，就會多交稅金，占用資金。

在合理票據的取得上，對于建筑施工企業來說，由于其工程項目大部分都在比較偏遠的地域，因而許多的成本發票獲取存在一定的困難。事前未對供應商進行篩選確認，有些成本費用已經發生支付，導致后期無法取得增值稅專用發票，甚至連普通發票也無法取得，從而無法抵扣進項稅金和成本，其中相當一部分是采購人員現金支付，公司長期預付款或其他應收款掛賬，成本費用所得稅前不能扣除，導致提前多交所得稅。

此外，建筑施工企業因其業務的復雜性，對財務處理的要求比一般商貿企業復雜，財務人員的不規范財務處理、收入成本核算的方法錯誤、納稅不及時等，嚴重時不僅要繳納滯納金，還影響到公司的整體信用評級，最終使企業發展存在一定的隱患。

建筑行業承接項目需要相應的施工資質，由于其特殊性，在建筑行業中存在許多掛靠經營的現象，所謂掛靠經營是指低資質等級企業或者無資質的個人以高資質等級企業的名義去承接工程，并向被掛靠企業交納一定比例的管理費，在實際項目施工中，掛靠方以被掛靠方的名義進行全面項目的施工，稅款繳納等一切行為，這種掛靠經營模式存在成本發票管理不善被稅務稽查的風險，項目施工責任模糊的風險。

實踐中，掛靠單位或個人往往會為了增加其抵扣成本而購買虛開的增值稅專用發票。由于被掛靠單位人力資源有限，對于項目施工的實際情況監管不到位，對于掛靠方提供的成本抵扣發票不能嚴格監控，就會出現被稅務稽查風險，損失被掛靠方企業的信用風險甚至嚴重的涉及刑事責任。對于在項目施工中出現的質量問題，以被掛靠方的名義去承接的項目，所有責任也應由被掛靠方去承擔，對于掛靠方的施工質量和信用無法控制的時候，一旦出現問題，都由被掛靠方去承擔解決，對其存在較高的經營風險。