國家稅務總局關于進一步加強普通發票管理工作的通知
》第8條第2款規定處理。
第2款是這樣規定的：在日常檢查中發現納稅人使用不符合規定發票特別是沒有填開付款方全稱的發票，不得允許納稅人用于稅前扣除、抵扣稅款、出口退稅和財務報銷。對應開不開發票、虛開發票、制售假發票、非法代為開具發票，以及非法取得發票等違法行為，應嚴格按照《
中華人民共和國發票管理辦法
》的規定處罰；有偷逃騙稅行為的，依照《
中華人民共和國稅收征收管理法
》的有關規定處罰；情節嚴重觸犯刑律的，移送司法機關依法處理。
下面試對上文作數點解析：
1、不符合規定發票不得稅前扣除、抵扣稅款、出口退稅和財務報銷，也即企業失去了企業所得稅可以稅前抵減的成本、費用、損失和其它支出，失去了抵扣增值稅進項稅款條件，失去了申請出口退還增值稅、消費稅條件，最為關鍵的是不得報銷，我個人理解即不得作為原始憑證納入財務核算體系，如果企業反其道而行之，則在稅務檢查或納稅評估過程中被發現者，這些不符合規定的發票如果不能重新取得就面臨著納稅調整、補征稅款等一系列涉稅問題。
2、發現不符合規定發票不意味著就要納稅調整、補征稅款，為什么？其一發現不符合規定發票即行納稅調整、補征稅款違反了稅法公平宗旨，取得不符合規定發票的原因有多種，有主觀故意也有客觀原因，一概而論顯失公平；其二發票只是表明一項業務存在的表征，而并不代表這項業務的真實性，只以表征違規而行對真實性業務的調整、補稅，顯然極不合理；其三稅收在具懲戒功能之時教育功能亦不可少，發現不符合規定發票時應當允許企業限期取得發票，或提供能證明其真實性的其他合法憑據，而不宜不問青紅皂白不給企業以改正機會就作納稅調整、補征稅款等。
3、處罰要視情況而定，對應開不開發票、虛開發票、制售假發票、非法代為開具發票，以及非法取得發票等違法行為，應嚴格按照《中華人民共和國發票管理辦法》的規定處罰，上述諸項行為可以總結為主觀故意，如果企業并沒有主觀上的故意而獲取的不符合規定發票顯然就不應當按照發票管理辦法處罰，比如A企業從B企業購進一批貨物，B企業卻突然消失，而使A企業無法獲取符合規定的發票，再比如A企業采購人員將購貨發票遺失，上述這些情況均不應當予以處罰；
有偷逃騙稅行為的，依照《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定處罰，此條規定實質是體現了真實性原則，即無論企業是否取得符合規定發票，只要業務不真實，造成偷逃騙稅行為均應按照征管法相關條文處罰，如果沒有造成偷逃騙稅行為就不能按照征管法處罰；
情節嚴重觸犯刑律的，移送司法機關依法處理，即上述應開不開發票、虛開發票、制售假發票、非法代為開具發票、非法取得發票等行為以及造成了偷逃騙稅行為如果觸犯了刑法，就應當移送公安、檢察院等司法機關予以處理。
由上述三點分析，對待企業取得不符合規定的發票應當作如下處理：
1、鑒別業務真實與否，如果業務不真實但未造成偷逃騙稅后果按發票管理辦法處罰，如果同時造成偷逃騙稅后果，在按照發票管理辦法處罰同時亦應對照稅收征管法相關條款予以處罰，涉及觸犯刑律的，移送司法機關處理。
2、業務真實，但未取得符合規定發票，應當責令企業限期取得發票，同時對應開而不開具發票、虛開發票、制售假發票、非法代為開具發票、非法取得發票等行為按照發票管理辦法處罰，如果確實不能取得發票，可以能證明業務真實性的其他合法憑據作為業務真實性發生的支撐。假設不能證明業務真實性，則視同企業放棄稅前扣除、抵扣稅款、出口退稅權益。由此而增加的稅收成本由企業自行消化。
我的上述看法也得到了若干省市稅務局文件政策的支撐，即發現違規票據時責令限期改正，改正后取得合法、真實憑證的允許稅前扣除，如果逾期仍無法取得的，則不允許稅前扣除，并根據具體情況作出偷稅、發票違規等處罰。
我們假設一個極端的例子，某稅務局對采用查賬征收方式的A建材建造有限公司進行稅收檢查，發現A公司制造建材購進的黃沙、水泥、鋼材等基本上沒有取得正式增值稅銷售發票，于是全額調增，也就是說成本基本上得不到扣除，對A公司的稅收處理其實就是按收入額的25%來征收企業所得稅。假設收入額是1000萬，則應繳納250萬。
我們再假定A公司是核定征收企業，核定應稅所得率10%，則應繳納企業所得稅1000×10%×25%=25萬。
這顯然是不合理的，稅務機關這種全額調增的方式也是錯誤的，象A公司這種情況，首先應當責令限期取得發票，其次如果在限期內仍不能取得發票，則應按照成本費用核算不清，采用核定征收方式，而不是調增后計算企業所得稅。否則勢必造成稅負的巨增，也是違反企業所得稅的公平原則。?

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