有影響。一個人在兩個公司拿工資不管是在哪一方的工資超過起征點需要繳稅，都是按照兩處工資所得的總和來計算個人所得稅的，即工資計稅總額是按照兩處工作地點的工資所得相加來計算。但兩處拿工資只能在一方來進行專項附加扣除。
根據《中華人民共和國個人所得稅法》第六條應納稅所得額的計算： （一）居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。 （二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元后的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。 （三）經營所得，以每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，為應納稅所得額。 （四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。 （五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用后的余額，為應納稅所得額。 （六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。 勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用后的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。 個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。 本條第一款第一項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的范圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體范圍、標準和實施步驟由國務院確定，并報全國人民代表大會常務委員會備案。
拓展資料： 《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十五條取得綜合所得需要辦理匯算清繳的情形包括： （一）從兩處以上取得綜合所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元； （二）取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得中一項或者多項所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元； （三）納稅年度內預繳稅額低于應納稅額； （四）納稅人申請退稅。 納稅人申請退稅，應當提供其在中國境內開設的銀行賬戶。?

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