1、負責范圍不同
國家稅務總局主管稅收工作。
工商行政管理局主管政府主管市場監管和負責行政執法。
2、職能不同
工商局職能：
（一）負責市場監督管理和行政執法的有關工作，草擬有關法律、法規，制定工商行政管理規章制度。
（二）負責各類企業、農民專業合作社、從事經營活動的單位和個人，以及外國（地區）企業和其他市場實體常駐代表機構的登記和監督，并承擔有關登記和監督工作。負責依法查處無證經營活動。
（三）依法承擔規范和維護各類市場經營秩序的責任，監督管理市場交易和網上商品交易及其相關服務。
（四）承擔流通領域商品質量監督管理職責，組織實施服務領域消費者權益保障工作，對假冒偽劣商品的違法行為依法查處。分工指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和網絡體系建設工作，維護經營者和消費者的合法權益。
（五）負責查處非法直銷、傳銷案件，依法對直銷企業、傳銷人員及其直銷活動進行監督管理。
（六）負責壟斷協議的反壟斷執法工作，濫用市場支配權，濫用行政權力排除競爭限制（不含價格壟斷）。對不正當競爭、商業賄賂、走私走私等經濟違法行為，依法查處。
（七）依法負責對經紀人、經紀機構和經紀活動的監督管理。
（八）依法對合同實施行政監督管理，負責動產抵押物登記，組織拍賣活動的監督管理，依法查處合同詐騙等違法行為。
（九）指導廣告業的發展，負責廣告活動的監督管理。
（十）負責商標注冊和管理，保護商標專用權，依法查處商標侵權行為，處理商標糾紛，加強對馳名商標的認定和保護。電子馬克。負責特殊和官方標志的登記、歸檔和保護。
（十一）組織、指導企業、個體工商戶、商品交易市場的信貸分類管理，依法研究、分析、公布市場參與者的基本注冊信息和商標注冊信息，提供信息。為政府決策和公眾提供服務。
（十二）負責對個體工商戶、私營企業的經營活動進行服務和監督。
（十三）開展工商行政管理國際合作與交流。
（十四）領導全國工商行政管理工作。
（十五）辦理國務院交辦的其它事項。
稅務局職能：
（一）擬訂具體的稅收法律、法規和實施細則，提出稅收政策建議，并會同財政部報告和發布，制定實施辦法。負責解釋實施過程中稅收法律法規和一般稅收問題的征收管理，并在實施后報財政部備案。
（二）負責組織實施中央稅務、共享稅和法律、法規規定的資金（費）的籌集和管理，努力實現應收賬款的足額征收。
（三）參與宏觀經濟政策研究、中央和地方分稅制研究，提出完善稅收分配制度的建議，研究稅收負擔的總體水平，提出稅收宏觀調控的建議。
（四）負責組織實施稅收征管體制改革，起草稅收征管法律、法規草案，制定和監督稅收征管規章制度，監督檢查稅收征管實施情況。貫徹執行稅收法律、法規和政策，指導和監督地方稅務工作。
（五）負責規劃和組織實施稅收服務體系建設，制定稅收服務管理制度，規范稅收服務行為，制定和監督納稅人權益保護制度的實施，保護納稅人的合法權益。
納稅人的合法權益，履行為納稅人提供方便、優質、高效的稅務服務的義務，組織實施稅務宣傳制定。注冊稅務人員管理政策并監督執行。
（六）組織實施納稅人分類管理和專項服務，組織實施大型企業的稅務服務和源頭管理。
（七）負責編制中長期稅收計劃和年度計劃，進行稅源調查，加強稅收分析預測，組織稅收減免等具體事項。
（八）負責制定稅收征管信息系統，制定稅收征管信息建設中長期規劃，組織實施黃金稅務項目建設。
（九）開展稅收領域的國際交流與合作，參加國家（地區）之間的稅收關系談判，草擬和執行有關協定、協定。
（十）辦理進出口商品的稅收征管和出口退稅業務。
（十一）實行國家稅務制度垂直管理，配合省人民政府對省地方稅務局實行雙重領導，對省地方稅務局局長的任免提出建議。
（十二）辦理國務院交辦的其它事項。
3、機構設置不同
工商局：
辦公廳、 法規司、 反壟斷與反不正當競爭執法局、 直銷監督管理局、消費者權益保護局、市場規范管理司、 企業注冊局、外商投資企業注冊局、 廣告監督管理司
個體私營經濟監督管理司 、人事司 、國際合作司（港澳臺辦公室）、 機關黨委、 離退休干部辦公室、商標局、商標評審委員會、 紀檢組、監察局。
稅務局：
辦公廳、政策法規司、貨物和勞務稅司、所得稅司、財產和行為稅司、國際稅務司、收入規劃核算司、納稅服務司、征管和科技發展司、大企業稅收管理司、稽查局、財務管理司、督察內審司、人事司、機關黨委、離退休干部辦公室、巡視工作辦公室。
參考資料來源：百度百科-國家稅務總局
參考資料來源：百度百科-工商行政管理局
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