企業所得稅匯算清繳日常工作中經常會遇到的疑難問題主要有：
一、應調增未調增應納稅所得
1．視同銷售取得的收入未調增應納稅所得。

視同銷售取得的收入在會計上一般不確認為會計收入，但對照《實施條例》第二十五條規定，應當視同銷售貨物的非貨幣性資產交換，以及用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的貨物、財產、勞務，應計入當期的應稅收入。而在所得稅匯算清繳實際工作中，不少企業對記入營業費用的交客戶試用的產品、以及將產品發給職工作為福利和記入應付福利費的勞保費用，都沒有調增應納稅所得。2．企業為投資者或者職工支付的商業保瞼費以及超標準支出的財產保險等保險費，未調增應納稅所得。按《實施條例》有關規定，企業為投資者或者職工支付的商業保險費以及超標準支出的財產保險等保險費，就應調增應納稅所得，而一些企業沒有調增。

3．超過規定標準發生的利息費用未調增應納稅所得。

實務中有三種錯誤表現：

（1）向非金融企業借款超過按照金融企業同期同類貸款利率計算的利息費用，未調增應納稅所得；

（2）在生產經營活動中發生的需要資本化的利息費用，未調增應納稅所得；

（3）從其關聯方接受的債權性投資與其權益性投資比例超過規定標準發生的利息費用未調增應納稅所得。

4．不符合條件的廣告贊和業務宣傳費支出來調增應納稅所得。對不符合條件的廣告費和業務宣傳費支出，如企業發生的與生產經營活動無關的非廣告性質的贊助支出，就不能扣除，就應調增應納稅所得。

5．不合規的企業之間各種支出未調增應納稅所得。企業之間支付的管理費、租金、利息和特許權使用費等，都要調增應納稅所得，而一些企業沒有調增應納稅所得。

6．因發生損失收取的責任人賠償和保險賠款未調增應納稅所得。企業發生損失，對已作為損失處理后又收回的責任人賠償和保險賠款，也應作為計稅收入，調增應納稅所得，可有些企業在匯算清繳中也未能調增應納稅所得。還有些企業對已經作為損失處理的資產，在以后納稅年度又全部或者部分收回的，也未能作為收入調增應納稅所得。

二、應調減未調減應納稅所得
1. 不應扣除的成本費用未調整應納稅所得。

一是以不合規票據列支的成本費用未能調整應納稅所得。實務中，有些企業經常以“無抬頭”、“抬頭名稱不是本企業”、“抬頭為個人”或以前年度發票為依據列支成本費用，這些成本費用違反了稅法所要求的真實性原則，應當調整應納稅所得，而在實際工作中未調整應納稅所得。
二是因核算不正確或不準確而多結轉的成本費用未調整應納稅所得。如一些企業隨意改變成本核算、成本結轉方法，以致于違反會計準則多結轉生產成本費用，按照稅法規定，這些多結轉的生產成本費用就不能扣除，就應調整應納稅所得，而在實際操作中沒有調整應納稅所得。
三是未實際發放的工資未調整應納稅所得。依照稅法規定，可以在企業所得稅稅前扣除的工資應當是企業已實際發放且屬于合理的工資，而那些未實際發放，如一些企業計提未發給職工的工資，就應調整應納稅所得，可在現實中不少企業就沒有調整應納稅所得。

2。權益性投資所得未按規定調整應納稅所得。
一種情形是符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，來按規定調整應納稅所得。

另一種情形是在中國境內設立機構場所的非居民企業從居民企業取得與該機構場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益，未按規定調整應納稅所得。

3。從事農、林、牧、漁業項目的所得未調減應納稅所得。

就是一些企業將全額調減與減半調減相混淆。按稅法規定，企業從事下列項目（①蔬菜、谷物等的種植；②農作物新品種的選育；③中藥材的種植；④林木的培育和種植；⑤牲畜、家禽的飼養；⑥林產品的采集；⑦農、林、牧、漁服務業項目；⑧遠洋捕撈）的所得，應全額調減應納稅所得，而有的企業減半調減；也有一些企業對從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；海水養殖、內陸養殖項目的所得，應減半調減應納稅所得，而一些企業則是全額調減。

4. 從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的所得未按規定調減應納稅所得

如企業從事《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目的投資經營所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年應全額調減應納稅所得，第四年至第六年應減半調減應納稅所得，而不少企業在匯算清繳中卻是全額調減。

5.從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得未按規定調減應納稅所得。

一些企業從事符合國家所明確規定的公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發利用、節能減排技術改造、海水淡化等項目的具體條件和范圍的所得，按稅法規定，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年可全額調減應納稅所得，第四年至第六年只能減半調減應納稅所得，而有些企業在第四年至第六年仍然全額調減應納稅所得。

6. 符合條件的技術轉讓所得未按規定調減應納稅所得。

按稅法規定，一個納稅年度內，居民企業技術轉讓所得不超過500萬元的部分，應全額調減應納稅所得；超過500萬元的部分，只能減半調減應納稅所得，可一些企業卻是全額調減應納稅所得。

7.加計扣除事項未按規定調減應納稅所得。

一種情況是企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實調減應納稅所得的基礎上，不是按照研究開發費用的50%加計調減應納稅所得；形成無形資產的，不是按照無形資產成本的150%攤銷；另一種情況是企業安置殘疾人員的，在按照支付給殘疾職工工資據實調減應納稅所得的基礎上，不是按照支付給殘疾職工工資的100%加計調減應納稅所得。

8.創投企業未按規定調減應納稅所得。

少數創投企業采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業2年以上的，不是按照其投資額的70%在股權持有滿2年的當年抵扣該創業投資企業的應納稅所得額，而是按照其投資額的80%或更多甚至于全額調減應納稅所得。

9.資源綜合利用所得未按規定調減應納稅所得。

企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源作為主要原材料，且該原材料占生產產品材料的比例不低于《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定標準的，生產國家非限制和禁止并符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，應減按90%計入收入總額，而在實務中有些企業不是未減按90%比例計入收入總額，就是原材料占生產產品材料的比例低于《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的標準，仍然減按90%計入收入總額。

三、資產類項目調整不當
1．資產類項目的計稅基礎確定不當未進行調整。

按稅法規定確定的資產類項目的計稅基礎金額，是能夠在稅收上得到補償的，反之，不按稅法規定確定的資產類項目的計稅基礎金額，就不能夠在稅收上得到補償，即不能在稅前扣除，因此，在匯算清繳中對不按稅法規定確定的資產類項目的計稅基礎金額，就要進行調整而在實務中計稅基礎確定不當的情形常有以下三種：

一是自行建造的固定資產，未以竣工結算前發生的支出為計稅基礎，如將竣工結算后發生的借款利息等也列入計稅基礎之中；

二是通過捐贈、投資、非貨幣性資產交換、債務重組等方式取得的固定資產，未以該資產的公允價值和支付的相關稅費為計稅基礎，而是以自行確定的或以雙方合同確定的價值，以及支付的相關稅費為計稅基礎；

三是外購的無形資產，應以購買價款和支付的相關稅費以及直接歸屬于使該資產達到預定用途發生的其他支出為計稅基礎，而有些企業將不直接歸屬于使該資產達到預定用途發生的其他支出，如將購置前為引入新產品進行宣傳發生的廣告費、管理費用以及其他間接費用也計入計稅基礎之中，還有的企業還將無形資產已達到預定用途以后發生的費用。例如，在形成預定經濟規模之前發生的初始運作損失，以及在無形資產達到預定用途之后發生的其他經營活動的支出，也計入無形資產成本，以擴大無形資產的計稅基礎，從而多計攤銷，少計應納稅所得。

2．計提的固定資產折舊或無形資產攤銷不當未進行納稅調整。

（1）固定資產應按直線法計提折舊，而實務中，有些企業對一些新購的較大數額的固定資產，未經主管稅務機關批準，就按雙倍余額遞減法或按年數總和法等加速折舊的方法計提折舊，在匯算清繳中也不進行納稅調整

(2）計提的固定資產折舊或無形資產攤銷與其計稅基礎不相對應的未進行納稅調整。這主要指一些企業在當年購買了一項固定資產或無形資產，并在其投入使用月份的次月起計提了折舊或攤銷，但年終前未能取得相關發票，則該項固定資產或無形資產的計稅基礎應為零，即稅前列支的折舊或攤銷也應為零，企業就要對計提的折舊或攤銷，進行納稅調整，而現實中不少企業就沒有進行納稅調整。

3．未經批準的資產損失支出未進行納稅調整。

資產損失包括：現金損失、存款損失、壞賬損失、貸款損失、股權投資損失、固定資產和存貨的盤虧、毀損、報廢、被盜損失、自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失。同時，按照國稅發[2009]88號文件規定，企業實際發生的資產損失按稅務管理方式可分為自行計算扣除的資產損失和須經稅務機關審批后才能扣除的資產損失兩大類。上述規定表明，企業經營發生的資產損失并非全部能夠自行計算扣除，部分資產損失須經稅務機關審批后方可列支，因此，對于那些須經稅務機關審批，但未獲得批準即未取得批文的資產損失列支，就要進行納稅調整。

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