企業(yè)所得稅匯算清繳日常工作中經(jīng)常會遇到的疑難問題主要有：
一、應調增未調增應納稅所得
1．視同銷售取得的收入未調增應納稅所得。

視同銷售取得的收入在會計上一般不確認為會計收入，但對照《實施條例》第二十五條規(guī)定，應當視同銷售貨物的非貨幣性資產(chǎn)交換，以及用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的貨物、財產(chǎn)、勞務，應計入當期的應稅收入。而在所得稅匯算清繳實際工作中，不少企業(yè)對記入營業(yè)費用的交客戶試用的產(chǎn)品、以及將產(chǎn)品發(fā)給職工作為福利和記入應付福利費的勞保費用，都沒有調增應納稅所得。2．企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保瞼費以及超標準支出的財產(chǎn)保險等保險費，未調增應納稅所得。按《實施條例》有關規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保險費以及超標準支出的財產(chǎn)保險等保險費，就應調增應納稅所得，而一些企業(yè)沒有調增。

3．超過規(guī)定標準發(fā)生的利息費用未調增應納稅所得。

實務中有三種錯誤表現(xiàn)：

（1）向非金融企業(yè)借款超過按照金融企業(yè)同期同類貸款利率計算的利息費用，未調增應納稅所得；

（2）在生產(chǎn)經(jīng)營活動中發(fā)生的需要資本化的利息費用，未調增應納稅所得；

（3）從其關聯(lián)方接受的債權性投資與其權益性投資比例超過規(guī)定標準發(fā)生的利息費用未調增應納稅所得。

4．不符合條件的廣告贊和業(yè)務宣傳費支出來調增應納稅所得。對不符合條件的廣告費和業(yè)務宣傳費支出，如企業(yè)發(fā)生的與生產(chǎn)經(jīng)營活動無關的非廣告性質的贊助支出，就不能扣除，就應調增應納稅所得。

5．不合規(guī)的企業(yè)之間各種支出未調增應納稅所得。企業(yè)之間支付的管理費、租金、利息和特許權使用費等，都要調增應納稅所得，而一些企業(yè)沒有調增應納稅所得。

6．因發(fā)生損失收取的責任人賠償和保險賠款未調增應納稅所得。企業(yè)發(fā)生損失，對已作為損失處理后又收回的責任人賠償和保險賠款，也應作為計稅收入，調增應納稅所得，可有些企業(yè)在匯算清繳中也未能調增應納稅所得。還有些企業(yè)對已經(jīng)作為損失處理的資產(chǎn)，在以后納稅年度又全部或者部分收回的，也未能作為收入調增應納稅所得。

二、應調減未調減應納稅所得
1. 不應扣除的成本費用未調整應納稅所得。

一是以不合規(guī)票據(jù)列支的成本費用未能調整應納稅所得。實務中，有些企業(yè)經(jīng)常以“無抬頭”、“抬頭名稱不是本企業(yè)”、“抬頭為個人”或以前年度發(fā)票為依據(jù)列支成本費用，這些成本費用違反了稅法所要求的真實性原則，應當調整應納稅所得，而在實際工作中未調整應納稅所得。
二是因核算不正確或不準確而多結轉的成本費用未調整應納稅所得。如一些企業(yè)隨意改變成本核算、成本結轉方法，以致于違反會計準則多結轉生產(chǎn)成本費用，按照稅法規(guī)定，這些多結轉的生產(chǎn)成本費用就不能扣除，就應調整應納稅所得，而在實際操作中沒有調整應納稅所得。
三是未實際發(fā)放的工資未調整應納稅所得。依照稅法規(guī)定，可以在企業(yè)所得稅稅前扣除的工資應當是企業(yè)已實際發(fā)放且屬于合理的工資，而那些未實際發(fā)放，如一些企業(yè)計提未發(fā)給職工的工資，就應調整應納稅所得，可在現(xiàn)實中不少企業(yè)就沒有調整應納稅所得。

2。權益性投資所得未按規(guī)定調整應納稅所得。
一種情形是符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權益性投資收益，來按規(guī)定調整應納稅所得。

另一種情形是在中國境內設立機構場所的非居民企業(yè)從居民企業(yè)取得與該機構場所有實際聯(lián)系的股息、紅利等權益性投資收益，未按規(guī)定調整應納稅所得。

3。從事農(nóng)、林、牧、漁業(yè)項目的所得未調減應納稅所得。

就是一些企業(yè)將全額調減與減半調減相混淆。按稅法規(guī)定，企業(yè)從事下列項目（①蔬菜、谷物等的種植；②農(nóng)作物新品種的選育；③中藥材的種植；④林木的培育和種植；⑤牲畜、家禽的飼養(yǎng)；⑥林產(chǎn)品的采集；⑦農(nóng)、林、牧、漁服務業(yè)項目；⑧遠洋捕撈）的所得，應全額調減應納稅所得，而有的企業(yè)減半調減；也有一些企業(yè)對從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；海水養(yǎng)殖、內陸?zhàn)B殖項目的所得，應減半調減應納稅所得，而一些企業(yè)則是全額調減。

4. 從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的所得未按規(guī)定調減應納稅所得

如企業(yè)從事《公共基礎設施項目企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目的投資經(jīng)營所得，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年應全額調減應納稅所得，第四年至第六年應減半調減應納稅所得，而不少企業(yè)在匯算清繳中卻是全額調減。

5.從事符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得未按規(guī)定調減應納稅所得。

一些企業(yè)從事符合國家所明確規(guī)定的公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發(fā)利用、節(jié)能減排技術改造、海水淡化等項目的具體條件和范圍的所得，按稅法規(guī)定，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年可全額調減應納稅所得，第四年至第六年只能減半調減應納稅所得，而有些企業(yè)在第四年至第六年仍然全額調減應納稅所得。

6. 符合條件的技術轉讓所得未按規(guī)定調減應納稅所得。

按稅法規(guī)定，一個納稅年度內，居民企業(yè)技術轉讓所得不超過500萬元的部分，應全額調減應納稅所得；超過500萬元的部分，只能減半調減應納稅所得，可一些企業(yè)卻是全額調減應納稅所得。

7.加計扣除事項未按規(guī)定調減應納稅所得。

一種情況是企業(yè)為開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產(chǎn)計入當期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實調減應納稅所得的基礎上，不是按照研究開發(fā)費用的50%加計調減應納稅所得；形成無形資產(chǎn)的，不是按照無形資產(chǎn)成本的150%攤銷；另一種情況是企業(yè)安置殘疾人員的，在按照支付給殘疾職工工資據(jù)實調減應納稅所得的基礎上，不是按照支付給殘疾職工工資的100%加計調減應納稅所得。

8.創(chuàng)投企業(yè)未按規(guī)定調減應納稅所得。

少數(shù)創(chuàng)投企業(yè)采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業(yè)2年以上的，不是按照其投資額的70%在股權持有滿2年的當年抵扣該創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的應納稅所得額，而是按照其投資額的80%或更多甚至于全額調減應納稅所得。

9.資源綜合利用所得未按規(guī)定調減應納稅所得。

企業(yè)以《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的資源作為主要原材料，且該原材料占生產(chǎn)產(chǎn)品材料的比例不低于《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定標準的，生產(chǎn)國家非限制和禁止并符合國家和行業(yè)相關標準的產(chǎn)品取得的收入，應減按90%計入收入總額，而在實務中有些企業(yè)不是未減按90%比例計入收入總額，就是原材料占生產(chǎn)產(chǎn)品材料的比例低于《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的標準，仍然減按90%計入收入總額。

三、資產(chǎn)類項目調整不當
1．資產(chǎn)類項目的計稅基礎確定不當未進行調整。

按稅法規(guī)定確定的資產(chǎn)類項目的計稅基礎金額，是能夠在稅收上得到補償?shù)模粗话炊惙ㄒ?guī)定確定的資產(chǎn)類項目的計稅基礎金額，就不能夠在稅收上得到補償，即不能在稅前扣除，因此，在匯算清繳中對不按稅法規(guī)定確定的資產(chǎn)類項目的計稅基礎金額，就要進行調整而在實務中計稅基礎確定不當?shù)那樾纬Ｓ幸韵氯N：

一是自行建造的固定資產(chǎn)，未以竣工結算前發(fā)生的支出為計稅基礎，如將竣工結算后發(fā)生的借款利息等也列入計稅基礎之中；

二是通過捐贈、投資、非貨幣性資產(chǎn)交換、債務重組等方式取得的固定資產(chǎn)，未以該資產(chǎn)的公允價值和支付的相關稅費為計稅基礎，而是以自行確定的或以雙方合同確定的價值，以及支付的相關稅費為計稅基礎；

三是外購的無形資產(chǎn)，應以購買價款和支付的相關稅費以及直接歸屬于使該資產(chǎn)達到預定用途發(fā)生的其他支出為計稅基礎，而有些企業(yè)將不直接歸屬于使該資產(chǎn)達到預定用途發(fā)生的其他支出，如將購置前為引入新產(chǎn)品進行宣傳發(fā)生的廣告費、管理費用以及其他間接費用也計入計稅基礎之中，還有的企業(yè)還將無形資產(chǎn)已達到預定用途以后發(fā)生的費用。例如，在形成預定經(jīng)濟規(guī)模之前發(fā)生的初始運作損失，以及在無形資產(chǎn)達到預定用途之后發(fā)生的其他經(jīng)營活動的支出，也計入無形資產(chǎn)成本，以擴大無形資產(chǎn)的計稅基礎，從而多計攤銷，少計應納稅所得。

2．計提的固定資產(chǎn)折舊或無形資產(chǎn)攤銷不當未進行納稅調整。

（1）固定資產(chǎn)應按直線法計提折舊，而實務中，有些企業(yè)對一些新購的較大數(shù)額的固定資產(chǎn)，未經(jīng)主管稅務機關批準，就按雙倍余額遞減法或按年數(shù)總和法等加速折舊的方法計提折舊，在匯算清繳中也不進行納稅調整

(2）計提的固定資產(chǎn)折舊或無形資產(chǎn)攤銷與其計稅基礎不相對應的未進行納稅調整。這主要指一些企業(yè)在當年購買了一項固定資產(chǎn)或無形資產(chǎn)，并在其投入使用月份的次月起計提了折舊或攤銷，但年終前未能取得相關發(fā)票，則該項固定資產(chǎn)或無形資產(chǎn)的計稅基礎應為零，即稅前列支的折舊或攤銷也應為零，企業(yè)就要對計提的折舊或攤銷，進行納稅調整，而現(xiàn)實中不少企業(yè)就沒有進行納稅調整。

3．未經(jīng)批準的資產(chǎn)損失支出未進行納稅調整。

資產(chǎn)損失包括：現(xiàn)金損失、存款損失、壞賬損失、貸款損失、股權投資損失、固定資產(chǎn)和存貨的盤虧、毀損、報廢、被盜損失、自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失。同時，按照國稅發(fā)[2009]88號文件規(guī)定，企業(yè)實際發(fā)生的資產(chǎn)損失按稅務管理方式可分為自行計算扣除的資產(chǎn)損失和須經(jīng)稅務機關審批后才能扣除的資產(chǎn)損失兩大類。上述規(guī)定表明，企業(yè)經(jīng)營發(fā)生的資產(chǎn)損失并非全部能夠自行計算扣除，部分資產(chǎn)損失須經(jīng)稅務機關審批后方可列支，因此，對于那些須經(jīng)稅務機關審批，但未獲得批準即未取得批文的資產(chǎn)損失列支，就要進行納稅調整。

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