單位員工是總公司委派過來的，由總公司代發工資，并且總公司代扣其工資的個人所得稅。現子公司給予這些員工一些日常補助，且按月作為工資發放，那么我們公司該如何計算代扣代繳這部分工資的個人所得稅？

之前跟地稅局的專管員溝通，專管員給出的意見是不減3500，直接帶入稅率扣除，可近期這些員工接到地稅局的通知，說是少繳了個稅，而且還要交滯納金。

那么該如何代扣我單位發的工資的個人所得稅？具體有哪些政策可以參考或者有明確的說明？

專家回復：

目前，對于個人取得二處或二處以上工資、薪金所得個人所得稅的處理，主要有如下文件的規定：

1、《個人所得稅法》第八條規定：“個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。個人所得超過國務院規定數額的，在兩處以上取得工資、薪金所得或者沒有扣繳義務人的，以及具有國務院規定的其他情形的，納稅義務人應當按照國家規定辦理納稅申報。扣繳義務人應當按照國家規定辦理全員全額扣繳申報。”第三十九條規定：“在中國境內兩處或者兩處以上取得稅法第二條第一項、第二項、第三項所得的，同項所得合并計算納稅。”

2、《個人所得稅自行納稅申報辦法》（國稅發[2006]162號）第二條第（二）項規定：“從中國境內兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的，應當按照本辦法的規定辦理納稅申報。”第三條第二款規定：“本辦法第二條第二項至第四項情形的納稅人，均應當按照本辦法的規定，于取得所得后向主管稅務機關辦理納稅申報。”第十一條第（一）項規定：“從兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的，選擇并固定向其中一處單位所在地主管稅務機關申報。”

結合上述文件的規定，對兩處取得工資、薪金所得的個人，應當按照規定選擇并固定在任職、受雇的一地單位所在地主管稅務機關自行辦理納稅申報，匯算清繳其工資、薪金收入的個人所得稅，多退少補。